Gli storici fanno risalire la nascita della città al 582 a. C. ad opera di colonizzatori Rodio-Cretesi comandati da Aristonoo e Pystilo, provenienti dalla vicina Gela. Essi fondarono la colonia di Akragas. Il territorio era comunque già abitato, lo dimostrano gli scavi nel territorio che hanno portato alla luce tracce di insediamenti precedenti databili al tempo della preistoria. I coloni greci decisero di stabilirsi nei dintorni delle rovine di una città più antica denominata Kamicos. In questo stesso luogo Dedalo, il creatore del famoso labirinto di Creta, trovò riparo, secondo una leggenda, dalle minacce di Minosse. La città fu costruita tenendo conto dei confini segnati dai fiumi Akragas nella parte ovest e Hipsas nella parte est. Fu proprio da questo primo fiume che la città prese in nome. Nel suo primo secolo dalla fondazione Akragas ebbe una crescita economica è culturale tanto grande che che Pindaro definì con le parole:"... la più bella città dei mortali". L'espansione economica e territoriale della città iniziò con il tiranno Falaride che dal 570 al 554 a. C. con abile strategia regge le sorti della città. Il suo nome però non resta legato ad eventi politici positivi, ma bensì alla sua crudeltà. La leggenda dice che il tiranno aveva fatto costruire un toro di bronzo nel cui stomaco faceva introdurre i suoi nemici che venivano lasciati bruciare vivi da una fiamma accesa esternamente sotto lo stomaco della statua.
Dopo un breve decadimento alla guida di Telemaco, di Alchimene e di Alcandro, la città trovò sotto un nuovo tiranno un nuovo periodo politicamente brillante. Nel 488 Terone, che governò fino al 472 a. C., fece parlare di Akragas come una grande potenza con una qualità di vita socio-economica veramente ragguardevole. Fù di quel periodo il conio delle prime monete d'oro della città. Akragas è in quel periodo una vera potenza militare che si scontra con i Cartaginesi. Nel 480 a. C. Terone, alleato con il tiranno di Siracusa Gelone, combattè la battaglia di Himera producendo un'importante vittoria sull'esercito condotta da Amilcare. L'avvenimento fù di tale importanza che Terone volle immortalare con la costruzione di un maestoso tempio dedicato al "Padre degli Dei" (Giove). Il progetto dell'architetto Feace fù realizzato anche con l'utilizzo di schiavi cartaginesi e con l'uso di tufi calcarei locali. Poco distante fu realizzata una grande vasca (la Kolymbetra) dal perimetro di sette stadi (su circa cinque ettari di terreno) e profonda venti braccia (circa venticinque metri). Essa era alimentata da un sistema di Ipogei fatti costruire dal Feace e che si dilungavano dalla parte alta della città fino alla grande vasca che oltre a servire per l'approvvigionamento idrico della città, divenne un vivaio di pesci e posto di ristoro per cigni e volatili vari, anche migratori. Essa fu usata anche come piscina. Dopo pochi anni, però, la vasca s'interrò naturalmente e fu trasformata in orto e frutteto diventando una delle aree più rigogliose di tutto il territorio circostante. Dopo la morte di Terone salì al trono il figlio Trasideo che pensò di aprire le ostilità nei confronti di Siracusa, ma fu sconfitto pesantemente perdendo il potere.
Gerone di Siracusa affidò il governo della città ad un governo democratico retto da personaggi illustri del tempo tra cui Empedocle (che rifiutò la nomina al potere offertagli dal popolo stesso). E' in questo periodo che si assiste alla ostruzione dei templi della Concordia e di Giunone nel trent'ennio che va dal 460 al 430 a. C. ed ai templi di Castore e Pollùce e di Vulcano negli anni a segure fino alla costruzione del tempio di Esculapio. Tutta la valle fu perimetrata con massicce mura che contenevano ben nove porte d'ingrasso alla città. Con lo sviluppo politico anche la popolazione lievita la sua cultura nello sviluppo di Lettere ed Arti in una popolazione che diventa sempre più numerosa oltre i limiti di 310.000 abitanti. Di quel tempo sono i personaggi illustri come gli ingegnosi Acrone ed Empedocle elementi di elevata eloquenza e filosofi di grande spessore culturale. I commediagrafi Dinoloco e Carcino. Metello tutore di Platone ed Esseneto che con l'atletica fu vincitore di Giochi Olimpici. Personaggi da citare sono il ricco Gellia tanto cordiale ed ospitale. Di lui si racconta che teneva dei servi alle porte della città per dare il benvenuto ai viaggiatori ed ai forestieri che riceveva pure a cena ed ai quali dava anche dei doni. Diodoro Siculo narra del ricco cittadino Antistene che alle nozze della figlia invitò circa 2500 cittadini. Si racconta che il corteo nuziale vedeva l'impiego di 1000 cavalli che precedevano la carrozza nuziale. Per l'occasione il banchetto nuziale fu organizzato imbandendo tavoli nelle piazze e nelle strade.
La decadenza definitiva arrivò nel 406 a. C. quando i soldati cartaginesi condotti da Annibale invasero la città e la rasero al suolo.
Bisogna aspettare il 340 a. C. per vedere risorgere la città che fu ricostruita dal generale corinzio Timoleonte. Questi, vincitore sui Cartaginesi nella battaglia del fiume Crimiso, promosse una nuova colonizzazione meritando il titolo di "rifondatore della città". Dopo Timoleonte, legato all'egemonia di Siracusa, furono nominati altri governanti quali Finzia che tenne il potere dal 284 a. C. al 280 a. C. e Sosistrato che governo fino al 277 a. C., qando (allontanatosi dal controllo siracusano) subì una grave sconfitta con i Cartaginesi condotti da Pirro. Gli stessi Cartaginesi la cedettero poi a Siracusa.
Nel 262 a. C. fu la Repubblica Romana a conquistare la città ed a costruire i suoi primi insediamenti con chiaro stile romanico.
Nel 210 a. C. i Romani a cambiare addirittura nome alla città chiamandola Agrigentum. Il termine che significa "gente di terra" le fu impresso per il lavoro svolto dai suoi cittadini nell'agricoltura. Era questa infatti l'attività trainante dell'economia locale. La città con un territorio molto fertile ebbe una parte molto importante in quel granaio di Roma che fu la Sicilia nell'impero romano.
Con la decadenza dell'impero romano la città subì molte invasioni che ne segnarono un continuo declino. Arrivarono tra i tanti i Vandali ed i Bizantini.
Trascorsi circa 1000 anni furono gli Arabi nell'827 d. C. ha conquistare la città. Le fu imposto un nuovo nome Kerkent. Fu dato nuovo sviluppo alla città che però fu edificata più a monte sulla collina settentrionale della valle. Divenne una potente fortezza ed in essa vennero edificati diversi monumenti e moschee. La città assume anche la nomina di "capitale del regno berbero" In più di 200 anni di dominio riuscirono a cambiare anche la religione del popolo locale sovrastato dalla presenza musulmana.
Fu l'arrivo dei Normanni condotti dal re Ruggero a restituire la città al cristianesimo nell'anno 1086. La loro presenza fece rifiorire l'economia e la cultura. Vennero edificate su precedenti templi le chiese di San Nicola, Santa Maria dei Greci e San Biagio. Ancora una volta dovette cambiare il nome in Girgenti divenendo in breve tempo Capo delle cinque province normanne della Sicilia. Numerose furono le costruzioni normanne nella citta. In quegli anni molti nobili costruiscono i loro palazzi nella nuova via Atenea che diventa il nuovo centro della città (nel periodo arabo in via Duomo).
Nei secoli successivi si sono avvicendati Svevi, Angioini, Borboni con periodi alterni di prosperità e declino. Con i moti rivoluzionari del secolo XIX i suoi cittadini parteciparono all'unificazione della Sicilia con il Regno d'Italia avvenuta nel 1860. Con un decreto Regio nel 1927 cambiò ancora nome assumendo l'attuale denominazione di Agrigento.